肛瘺在肛管或直腸內有原發性的內口，可通過病理性的管道通向肛門周圍的皮膚組織，因肛管和肛門相通，所以有持續的分泌物或感染源，可導致管道內炎癥或局部炎癥反復發作。若單獨用藥物或保守治療手段，僅可減輕局部腫脹或炎癥，無法徹底治愈。對于肛瘺的治療，若條件允許，通常建議進行手術根治。若患者患有一些基礎疾病，無法及時手術，可通過藥物控制局部癥狀，但若不進行手術治療，肛瘺疾病無法達到自愈。