肛瘺一旦發生，一般情況下不可能自愈，因為肛瘺主要是由于肛門直腸內出現了破孔，大便隨著破口逐漸流入到皮膚下面，有時形成肛門膿腫。肛門膿腫破潰了以后就形成外口，有肛門內的內口以及肛門外的外口，所以稱為肛瘺。如果是肛瘺內口沒有愈合，大便或臟東西會不斷流入到瘺管內，有可能反復發生肛周膿腫，即使不發生肛周膿腫，瘺管慢慢的形成纖維化以后，也不可能發生自愈。肛瘺的治療方法，只有手術治療才能治愈，手術要找到內口跟外口，把內口、外口同時切除，切除以后不能縫皮膚，要靠傷口內深部的肉芽組織逐漸長到皮膚下面，然后皮膚才能愈合，可以避免肛瘺術后復發，所以肛瘺的手術很簡單，很快就能結束，但是肛瘺手術后愈合的時間比較長，部分患者甚至半個月，甚至10-20天才能慢慢長好。