肛瘺并不能自愈。肛瘺來自于肛門膿腫，絕大多數情況下先有肛門膿腫，膿腫破潰，膿流出來以后逐漸緩解，即可形成肛瘺。因此，肛門膿腫是急性炎癥，肛瘺是慢性炎癥。對于肛瘺，目前并沒有辦法自愈，其治療只有手術治療。部分患者出現肛瘺以后，并沒有典型的肛瘺癥狀，即反復的流膿、流血。肛瘺的位置是屬于一個靜止狀態，此時可能會給患者留下一個假象，以為肛門自愈，其實這只是一個靜止狀態。臨床上確實遇到過此類患者，即通過肛門檢查能夠摸到典型的肛瘺結構，也就是皮下典型的瘺管能夠摸到。但是患者并沒有反復的流血、流膿癥狀，此類情況是肛瘺保持在靜息狀態。而這個靜息狀態，并不明確能夠保持多長時間。從目前的臨床經驗上，可能終究會發作，因此肛瘺其實很難自愈。