肛瘺無法自愈，需進行手術治療。肛瘺合并膿腫時，會急性產生膿性反應，通過用藥或排膿的方法可得到暫時緩解，但瘺道錯綜復雜，該病無法自愈。 建議發現后，在身體及時間條件允許時，盡早進行手術。肛瘺可通過注意個人清潔、注意特殊疾病的方式，進行早期預防，效果較好，大部分人群能夠得到預防，但部分的特殊人群難以預防。