腎結石如果已經引起腎積水，需要明確結石位置、大小及積水嚴重程度。如果梗阻不解除，積水會進一步加重會引起腎皮質變薄，嚴重者會引起腎功能喪失。不同位置結石，采取的方式不一樣。如果腎臟結石位于腎盂出口處，可以通過經皮腎鏡，從腎臟內建立通道把結石擊碎后取出體外。如果石頭不大可以通過尿道，人體的自然通道，逆行徑直上到輸尿管，然后到腎臟以后用鈥激光或其它碎石工具，將結石擊碎后取出，或將結石粉末化，后續自行通過輸尿管排出體外。 如果引起梗阻積水的問題，不是因為結石梗阻，而是因為本身輸尿管狹窄或先天性或者后天繼發形成狹窄，則不單純需要處理結石，而要先將梗阻的問題解除。如果是先天性的腎盂輸尿管狹窄，需要把腎盂輸尿管連接部切除以后，重新進行整形縫合，解除梗阻后，后續不會繼續繼發再形成結石。