橋本氏甲狀腺炎是在遺傳和環境的因素影響下，使得免疫系統出現錯誤，造成橋本氏甲狀腺炎。橋本氏甲狀腺炎具體的發病機制并不完全清楚，但是現在知道是由于免疫系統在保護甲狀腺的時候，誤傷了甲狀腺。甲狀腺里面有兩種重要的成分，一個叫甲狀腺球蛋白，一個叫甲狀腺過氧化物酶。甲狀腺球蛋白和甲狀腺過氧化物酶，都是甲狀腺濾泡細胞所生產，甲狀腺球蛋白是甲狀腺激素合成的生產線，而甲狀腺過氧化物酶微粒體，是讓碘有機化，進一步轉變為甲狀腺激素。如果免疫系統把這兩種成分認為是敵人，產生自身的抗體，就會誤傷甲狀腺，甲狀腺會出現自身免疫性的炎癥，這種情況就稱為橋本氏甲狀腺炎。橋本氏甲狀腺炎在顯微鏡下觀察會發現甲狀腺結構被破壞，有大量的淋巴細胞浸潤，因此橋本氏甲狀腺炎，也稱為慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，是自身免疫性甲狀腺炎最常見一種。橋本氏甲狀腺炎診斷以后，需要結合功能是否異常進行是否診斷的決定。如果橋本氏甲狀腺炎，甲狀腺功能正常，沒有甲亢或甲減，需要定期觀察。通常半年或1年化驗1次甲狀腺功能，并不需要服用藥物，也不需要在飲食上特別需要注意。橋本氏甲狀腺炎，如果合并甲狀腺功能亢進或者是甲狀腺功能減退，使用包括抗甲狀腺藥物，對于甲減使用包括左甲狀腺激素替代的治療。