橋本氏甲狀腺炎是病程非常漫長的疾病，可能在早期時只是出現抗體增高，抗體增高以后慢慢形成淋巴細胞浸潤，然后逐漸使甲狀腺組織被淋巴細胞所替代。這時病人發展就可以變成甲減，但這個過程是因人而異，有的人可能因為抗體高在幾年之后就變成甲減，有的病人可能十年、二十年、終生、30-40年都不會變成甲減。所以橋本氏甲狀腺炎的治療指標是以甲狀腺激素水平的高低來確定的。本身橋本氏甲狀腺炎對機體不會造成很大危害，只是當發生橋本氏甲狀腺炎引起的甲狀腺功能低下時，才需要治療。如果發生橋本氏甲狀腺炎，就要替代治療，另外有橋本氏甲狀腺炎的病人，還需要查其它抗體，看有無其它自身免疫性疾病，如皮肌炎或者其它免疫性疾病。