只要遵醫囑規律用藥，衣原體陽性并不難治，且可以徹底治愈。衣原體陽性表示機體存在衣原體感染，臨床常根據感染衣原體的類型及感染部位的不同，采取藥物治療為主的綜合治療方式，具體如下：1、呼吸道感染：肺炎衣原體導致的呼吸道感染，一線治療藥物是四環素、多西環素、紅霉素、阿奇霉素和克拉霉素；2、沙眼：沙眼衣原體感染所導致的沙眼，可局部應用15%磺胺醋酰鈉滴眼液或紅霉素軟膏。急性期或嚴重沙眼，應進行全身的抗生素治療，口服多西環素或紅霉素；3、包涵體性結膜炎：沙眼衣原體導致的包涵體性結膜炎，局部使用15%磺胺醋酰鈉滴眼液。如果需要全身用藥，嬰兒和成人均可使用紅霉素，成人也可以口服多西環素；4、泌尿生殖系統感染：沙眼衣原體導致的泌尿生殖系統感染，推薦使用阿奇霉素或多西環素；5、性病淋巴肉芽腫：沙眼衣原體導致的性病淋巴肉芽腫，可選用多西環素、米諾環素、四環素或紅霉素。需要注意的是，以上藥物必須在醫生指導下應用。治療期間患者應注意休息、避免熬夜、勤換內褲。患者日常三餐以清淡、易消化的飲食為主，避免食用生冷、辛辣、刺激性的食物，并且應嚴禁煙酒、避免房事。