腹腔鏡手術是現在微創外科，特別是在普通外科肝膽外科比較常用的手術方式。同樣對于先天性膽總管囊腫，也是可以采用腹腔鏡來完成，無論是腹腔鏡開腹手術，在腹腔內完成的手術步驟基本上是一致的，都是要做膽總管囊腫的完整切除以及膽管和空腸的重新吻合。腹腔鏡和開腹手術的區別只是在于腹壁切口的大小、位置和數量的區別。腹腔鏡先天性膽總管囊腫難點不在于囊腫是否容易切除，而是在于膽管、小腸重新吻合的難度。因為膽總管囊腫手術后比較容易出現的并發癥包括膽腸吻合口狹窄、吻合口瘺以及囊腫切除不全，這種并發癥在最開始開展腹腔鏡手術的時候要特別的注意。