膽總管囊腫的手術方式主要是囊腫切除、肝總管空腸吻合，早期術后并發癥主要是腹腔內出血、急性胰腺炎、膽瘺、胰瘺，以及急性膽管炎等；晚期的并發癥主要是吻合口狹窄，以及反復發作的膽管炎、膽管結石形成，長期炎癥刺激可能造成膽管癌變。因此患者即使已經行手術，還需要定期隨訪、觀察。對于膽總管炎癥或者已形成結石的患者也應當積極進行治療，并查明具體原因。 微創治療對外科醫生的手術操作要求比較高，要求高能減少術后并發癥，如膽管炎、吻合口瘺的發生。出現并發癥應及早治療，術后應該觀察患兒的腹部情況，術后一周比較常見膽瘺、胰瘺和吻合口瘺，患者容易出現發熱、腹脹，還有腸梗阻、膿毒血癥的癥狀。此時一般是出現了膽瘺、胰瘺和吻合口瘺，患者需要再次進行手術。