肝內膽管結石不會自愈，因為結石并不是一種可以自愈的疾病，結石在肝內膽管分布有多有少，部分患者只是偶然在體檢中發現少數量的肝內膽管結石。部分患者由于病變時間較長，檢查時發現肝內膽管結石已經占據一個肝葉或肝段，甚至部分患者肝內膽管結石為彌漫性雙側肝內膽管結石，所以并不會自愈。肝臟膽管結石如果只是少量，沒有造成患者不適，通常不需要治療。如果為區域性肝內膽管結石，患者需要查看結石對肝臟的毀損情況，部分患者會發生肝臟萎縮，或發生肝臟纖維化，此時，應做區域性的肝葉或肝臟切除。如果結石存在于雙側肝內膽管，呈彌漫型，治療較為困難，只能盡可能取凈結石，建立通暢的膽道引流，做好術后處理工作。