肝內膽管結石若無其他不適癥狀，多數患者無需進行處理。因為結石不會引起嚴重的并發癥，也無需進行手術治療。 如果患者是彌漫性的肝內膽管結石，處理較為麻煩，因為病情會反復發作，進而導致膽汁性肝硬化。因此必要時需進行肝移植。如果患者是局灶性的肝內膽管結石，多建議進行手術治療。 目前就肝內膽管結石的發病率分析，需要進行治療的情況并不多。但其較麻煩的特點在于結石難以取凈，并且本病容容易復發，容易引起并發癥。