先天性巨結腸手術在過去屬較大型手術，且并發癥較多，對患兒損傷較大，由于腸管部位需全部暴露于體表外，因此對患兒損傷大，恢復慢。隨著現代醫學技術的提高，在腹腔鏡下或經肛門即可完成手術，手術無需開腹，腹腔內無需過多游離，手術步驟經過簡化更安全，手術難度雖無改變，但由于操作步驟減少，手術時間得到相應縮短，因此目前巨結腸手術在小兒外科手術中屬中型手術。