巨結腸的手術主要的方式及原理是把沒有神經支配的部分巨結腸切除，然后將近端的正常結腸和遠端近結腸肛門處的位置連接上，具體如下：1、腹腔鏡手術：由于現在腹腔鏡大量的施行，所以巨結腸手術在評估之后，多數可以采取腹腔鏡手術治療；2、達芬奇機器人手術：也可采用達芬奇機器人進行手術治療，上述的微創手術需要考慮精準的問題；3、伴有其他疾病：經過評估之后發現患者還伴有其他的疾病，如結腸憩室炎，或患者是老年人，此時不能一次性將近端和遠端吻合，而在將巨結腸部位切除后，將近心端的部位皮膚造瘺、遠心端的部位閉合口，此為一期手術。1-2年之后，如果患者的病情恢復得好，根據評估的結果，再進行手術將兩端吻合。