兒童病毒性腦炎后遺癥主要與患兒病毒性腦炎感染的部位及影響的腦組織結構有關。普通兒童病毒性腦炎主要影響額葉、顳葉、海馬及島葉等腦組織，治療及時基本上不遺留后遺癥，治療不及時影響額葉可出現精神行為異常。如影響島葉可出現自主神經功能障礙，甚至島葉癲癇發作，出現反復無明顯誘因嘔吐、心慌、心悸、胸悶等癥狀。影響海馬結構可出現記憶力下降、繼發性海馬硬化或出現癲癇易感。影響到顳葉可出現失語。如出現病毒感染繼發自身免疫性腦炎可出現繼發性癲癇、呼吸節律紊亂、肌張力障礙、手抖、腳抖、精神行為異常等癥狀。