病毒性腦炎其中一類為單純皰疹病毒性腦炎，其后遺癥取決于治療是否及時與疾病嚴重程度。本病未經抗病毒治療，或者治療不及時、不充分，以及患者因病情嚴重而預后不良，死亡率高達60%-80%。發病數天內，及時使用足量抗病毒藥物治療后，多數患者可治愈，大約10%的患者可留下不同程度的精神智力障礙、癲癇、癱瘓后遺癥。第二類為腸道病毒感染的病毒性腦炎，如柯薩奇病毒，此種為良性感染性疾病，積極治療多無后遺癥，預后較好。