病毒性腦膜腦炎經過正規治療，大部分患兒可恢復的較理想，但部分會留有不同程度后遺癥。病毒性腦膜腦炎的后遺癥包括： 1、運動落后，部分病毒性腦膜腦炎經過治療，病毒感染得到控制，但對腦細胞造成一定的損傷，損傷大腦皮層的運動區或認知感覺區，可出現運動方面的落后或不協調； 2、智力的問題，病毒感染或病變部位損傷到大腦皮層的感覺區和認知區，患兒智力會受到不同程度的影響，出現反應遲鈍、轟鳴，對外界的聲音無反應或反應慢，認知障礙、學習困難或學習能力喪失； 3、大腦皮層神經元的異常放電，即癲癇。