病毒性腦炎后遺癥取決于損傷的部位和致病病毒的種類。侵犯大腦會出現大腦損傷的后遺癥，侵犯小腦會出現小腦損傷的后遺癥，比如走路不穩，侵犯腦干，如腦干腦炎就是因為腦干損傷的后遺癥，癥狀相對較重，可能會損傷呼吸、循環、意識、體溫等。大腦結構錯綜復雜，一個微小部位受到影響可能就有2-3種表現。如侵犯基底節時，會出現口眼歪斜、肢體偏癱，侵犯頂葉可能會引起單側上肢或者下肢的偏癱，侵犯額葉可能會造成麻木感。