對于病毒性腦炎產生的腦實質損害，根據損害程度不同可能會產生相應的后遺癥狀，或者神經系統并發癥狀。針對以上情況，尤其是皰疹病毒性腦炎，影響顱內邊緣系統，導致情緒、行為、認知功能以及精神行為異常。 如果是單純腦膜炎，一般是由病毒引起的中樞神經系統感染，一定程度上呈自限性改變。自限性是指不經過藥物治療，高峰期過去后會慢慢限制病毒的發展，最終自愈。一般單純病毒性腦膜炎自愈后不會留任何后遺癥。