腦干腫瘤的發病原因多種多樣，多數不明確，與腫瘤類型相關。膠質瘤、海綿狀血管瘤、血管母細胞瘤為常見的多發腫瘤。腦干膠質瘤，以兒童較多發，多與基因突變相關，成年患者多與免疫相關；海綿狀血管瘤為非真性腫瘤，是一種特殊的血管畸形，多與先天因素相關；血管母細胞瘤或血網，病因不明確，可能與基因突變相關；轉移瘤為其他部位腫瘤轉移至顱內，有原發灶。