腦干腫瘤源于腦干的最常見的是膠質瘤，它是基因突變的結果，源于身體內的免疫失衡。正常情況下人體內癌基因和抑癌基因相互抑制，協同作用，癌基因起到組織修復增生的作用，比如身上的某些器官組織有損傷、出血，修復需要癌基因，但修復平整后抑癌基因啟動，但有時免疫失衡之后，抑癌基因在該發揮作用的時候不能夠發揮作用，即無法阻止癌基因的異常增生，它就會無限增殖，越長越大，從而形成腫瘤。腦干腫瘤種最常見的是膠質瘤，星形細胞瘤或者膠質母細胞瘤，屬于惡性腫瘤，如果不是在非常重要的功能區，可以通過手術切除，然后根據情況隨訪。如果病理級別比較高，惡性度高，要配合以放化療。如果在重要的生命功能區，比如在延髓，呼吸心跳會受到很大影響，所以有時要取活檢證明它的病理來源，然后進行相應的放療和化療。