腦干腫瘤的手術費用與患者術后是否出現嚴重的并發癥、患者年齡、手術質量、醫院收費標準等多種因素相關，無法準確確定。目前醫院執行分級收費，不同醫院治療費用不同。部分醫院治療順利時，即不出現嚴重的并發癥，費用一般低于10萬元，若出現嚴重并發癥，如偏癱、吞咽障礙、血管梗塞、痙攣、感染等，需在ICU進行救治，費用較高，可達十幾萬元至二十萬元。