對于胃鏡和腸鏡檢查哪種更痛苦的問題，不同患者感受不同。通常胃鏡檢查需經過咽喉部，會有惡心、嘔吐甚至喘不過氣的感覺。腸鏡檢查可能出現腹痛、腹脹、排便感，在腸道拐彎處甚至可能出現疼痛加重，特別是比較瘦弱或者既往腹部有手術史的病人。 如果胃鏡、腸鏡都采取無痛檢查方法，患者不會出現疼痛感覺，醫生操作也比較順暢。無痛檢查病人反應輕，胃腸道黏膜處于安靜狀態，有利于醫生發現微小疾病，早期胃癌、結腸癌發現率明顯提高。因此，沒有禁忌癥的患者醫生通常會建議選擇無痛胃鏡和結腸鏡檢查。