胃鏡與腸鏡相比，胃鏡比較痛苦。因為胃鏡需要突破咽喉部，受檢者可能有窒息或疼痛的感覺。但是腸鏡檢查在拐角處也可以使受檢者出現疼痛，一般不嚴重。 如果采取無痛胃鏡或者無痛腸鏡方式檢查，通常受檢者不會出現痛苦，而且操作時間較短、損傷性較小，兩種無痛檢查痛苦指數沒有差異。胃鏡和腸鏡具有高清晰、直觀觀察胃腸黏膜的作用，可以很快觀察到發病現象，能夠及時發現病情，及時采取針對性方法進行治療。