根管治療可以分三步，包括清理牙神經、根管預備和根管填充，通常在第一步，即清理牙神經時患者可能會有疼痛。?在第一步治療的時候，因為牽扯到要將發炎牙神經清理干凈的操作，而發炎牙神經如果在沒有完全壞死的情況下，清理時便會有疼痛，所以針對根管治療第一步的疼痛，通常是在局麻藥物的作用下，即打局部麻藥的情況下，進行發炎牙神經的清理。根管治療的第二步和第三步，分別是根管預備和根管填充。而根管預備所有器械的操作均是在根管里，即操作局限在已經清除掉的發炎牙神經根管內進行，因為沒有牙神經的存在，所以不會有疼痛的情況。但如果在操作時根管治療的器械從根尖孔穿出去，并刺傷牙根周圍的軟組織，也會引起疼痛。但只要在根管治療的時候正確進行根管長度的測量，并在安全長度內進行根管治療的根管預備，或第三步的根管充填，患者通常便不會有明顯疼痛。只有在第一步時要清理發炎的牙神經，如果有疼痛的表現，可以通過打局部麻藥的方法進行緩解。