益生菌作為食用后對人體起輔助作用的細菌，對人體主要起有益作用。部分特殊條件下，益生菌可能會對人體產生較大的副作用或危害作用，具體如下：1、益生菌為人體的首要條件性致病菌。腸道黏膜水腫或營養不良時，組織間隙增大，細菌可能突破細胞間的黏膜屏障進入血液循環，可能隨血液循環到達肺、腎等其他重要臟器，造成流經區域發生感染，嚴重時可造成菌血癥或膿毒血癥；2、益生菌本身存在代謝產物，其中可能有毒力因子，進入人體后隨血液循環，可造成機會性感染或代謝紊亂；3、如果益生菌產生耐藥，會將耐藥信息水平性轉移給人體，誘發人體對抗生素產生耐藥性，屬于水平轉移性耐藥，可能對人體造成副作用。在利用益生菌的正向作用時，也需考慮其副作用，需減少副作用。