胃鏡檢查時管道從口腔進入，觀察食管、胃、十二指腸球部、十二指腸降段的情況。當胃鏡管從咽部進入食管時患者比較痛苦，因為管道會對咽喉部和胃部產生刺激，受檢者除有惡心、欲嘔的不適外，還有難以呼吸的感覺。建議檢查時患者配合醫生，操作過程中保持放松、深呼吸、避免吞咽口水等。目前較多醫院開展無痛胃鏡的檢查，可減少受檢者的痛苦，但無痛胃鏡并不適合所有人，需經過專業的醫生進行評估，確認沒有麻醉風險后才可以實施。