胃鏡檢查痛苦小，部分患者可能出現輕微惡心不適，若按照要求進行呼吸與動作的配合，不適感可降至最低，一般不會引起疼痛。對疼痛過于恐懼的患者，可選擇無痛胃鏡檢查，在鎮靜、麻醉的情況下進行檢查，無任何不適感，且不易出現漏診。目前胃鏡檢查是食管、胃腔內疾病常用安全有效的檢查手段，是進行診斷的金標準，胃鏡已成為常規檢查手段。