肛瘺手術恢復時間差異較大，與患者具體病情，如瘺管大小、病情復雜程度、手術方式等密切相關。一般單純低位肛瘺，手術切口較小、創傷小，恢復較快，約一周左右即可出院，出院后恢復時間大約2周。高位肛瘺一次性根治手術住院時間較長，一般需2周左右，出院后恢復時間約4-6周。復雜性肛瘺一般有多個外口、位置較高或合并結核病、克羅恩病等其他疾病，病情復雜，治療周期較長，恢復期約幾個月甚至更長時間。