肛瘺手術包括掛線療法及肛瘺瘺管切除手術，目前多采用肛瘺掛線法治療。肛瘺掛線療法恢復時間約2周，掛線療法原理即采用結扎線由瘺管進入，于皮膚部位做切口，結扎線可為收緊作用。結扎線具有彈性、可回縮，即邊切割、邊愈合。一般2周左右結扎線即可脫落，脫落后傷口即可愈合。 根據結扎線松緊度不同，部分患者愈合時間較長、部分較短，但基本于2周左右恢復。肛周肛瘺切除療法，將瘺管切除后層層縫合，1周左右即可愈合。