肛瘺手術住院時間與肛瘺復雜性有關，肛瘺可大致分為兩類，一類是復雜性比較低的低位單純性肛瘺，另一類是高位復雜性肛瘺。1、低位單純性肛瘺：由于瘺管位置比較低，手術創面比較淺，術中、術后并發癥比較少，術后恢復都比較順利，術后需要住院時間為1-2周，甚至更短，出院后可選擇每日或者間隔1-2日到醫院換藥，直至肛瘺完全愈合；2、高位復雜性肛瘺：由于瘺管位置比較高，手術創面比較深，術中、術后并發癥相對更多，術后恢復時間也比較漫長，有些人需要住院1個月、2個月，甚至更長時間。總而言之，肛瘺患者住院時間主要與肛瘺病情的嚴重程度、復雜性有關，簡單的可以很早出院，復雜的需要做好長期住院的準備。