目前大部分醫院無痛胃鏡和腸鏡檢查可以同時進行，通常30分鐘即可完成檢查。無痛胃腸鏡指患者在進行胃腸鏡檢查時需要采取靜脈麻醉，當靜脈注入麻醉藥后，患者處于睡眠狀態下再進行胃腸鏡操作，先進行胃鏡檢查，耗時在10-15分鐘。等胃鏡檢查結束后，再進行腸鏡檢查。腸鏡檢查的時間主要與患者腸道的情況有關，如果患者腸道走行正常，操作時間在15分鐘左右。如果患者腸道冗長或是有腹部手術操作史時，腸鏡操作相對困難，可能需要20-30分鐘，待胃腸鏡操作均結束后，麻醉師給患者注入促醒藥物，即可認為檢查結束。由于無痛胃腸鏡時沒有較大的疼痛感，患者能夠耐受，因此在臨床上接受度較高。