肛瘺依據瘺管位置、數量，分為低位、高位、單純、復雜性肛瘺，以手術治療為主，手術方式依據瘺管情況決定。單純性肛瘺的手術方式包括瘺管切除術，直接將瘺管切開；瘺管剔除術，探針從瘺管內口進入，從外口穿出，結扎瘺管，緩慢切除，治療效果較徹底。高位復雜性肛瘺，如海底漏，需要2-3次分期手術治療，因一次性切除術易損傷直腸環，而影響肛門功能。