目前能夠明確的肛周膿腫發病原因有兩種，具體如下：1、肛門腺感染：一種發病原因是內外括約肌之間的肛門腺感染，這種腺體叫做肛門腺或者是肛隱窩腺。這個腺體位于肛管位置的內外括約肌之間，開口于肛門里，也就是肛門里有個叫肛隱窩的位置。這個位置的逆行感染，引起了肛隱窩腺的感染，就形成了在內外括約肌之間的感染灶。這個感染灶繼續進展，向周圍進展以后，就會形成肛周膿腫；2、中央腔隙感染學說：中央腔隙是在肛門外括約肌的皮下部，與聯合縱肌之間，這個腔隙是個環肛管一圈。這個位置感染以后，會延伸到肛周的各個間隙。因此，目前對肛周膿腫形成的病因，主要就是兩種原因，因為這兩種原因，所以在肛周膿腫的治療上，現在還存在著爭議。主要的一個爭議就是肛周膿腫治療的時候，是否需要進行一級的切開引流。也就是在肛周膿腫治療的時候，是否要將其按照肛瘺進行手術治療，這個爭議主要就是因為有中央腔隙感染學說的存在。