造成肛周膿腫的原因，主要有兩個，具體如下：1、肛隱窩腺：其來源就是肛隱窩腺的來源，肛隱窩腺是位于肛管內外括約肌之間的腺體，開口于肛門內，當有某些因素如腹瀉時，稀便帶著細菌，從肛隱窩進入到肛門腺，肛隱窩腺體以后造成肛門腺的感染。這種感染沿著自然的解剖結構向周圍擠時，就形成了肛門周圍的膿腫，有表體膿腫、肛周皮下膿腫，以及坐骨直腸窩膿腫、骨盆直腸窩膿腫、骨盆膿腫、直腸后膿腫等深部膿腫；2、中央腔隙切除：中央腔隙切除的細菌來源，就是皮膚的細菌逆行通過皮膚進入到中央腔隙造成的感染，一般為化膿性感染性膿腫。膿腫向周圍擠時，也可以形成不同深度的膿腫，表淺的膿腫即皮下膿腫。中央腔隙切除主要存在的原因，就是發現肛周膿腫有部分病人并沒有內口，經過牽引后就能夠痊愈，這是中央腔隙學說的道理所在。來自肛性感染的肛周膿腫往往會存在于肛門里這種內創，在切開引流治療時最好是要把它在肛隱窩腺的位置即內口處理掉，可以預防繼發肛瘺。