肛周膿腫的原因主要是肛隱窩感染，占80%-90%，導致肛腺感染、括約肌間感染，形成肛周的膿腫。 因為此病多數都見于青壯年男性，據臨床統計，男女的比例6:1。而女性的肛周膿腫，往往與外傷、感染有一定關系，因為肛裂，或者是因為生孩子時側切，可以造成膿腫產生。 造成男性高發的可能是男性激素有重要的作用，可能到50-60歲以后，激素水平降低，再長肛周膿腫的機會就少了。還有一些膿腫是因為外傷造成，比如擠開塞露、魚刺、雞骨劃傷直腸等，造成感染形成膿腫。 另外還有一部分膿腫是因為免疫力低下，或者是其它免疫功能的缺失等，比如艾滋病人免疫力低下，導致肛周膿腫。白血病人到后期很容易發生肛周的膿腫。 還有老年人因為各種原因抑制免疫，導致發生肛周膿腫的機會比較多，以上是比較少見的內在因素，多數情況下還是從隱窩感染，最后形成肛周間隙的膿腫。