肛周膿腫與肛瘺是同一疾病的兩個不同階段的稱呼。無論是肛瘺還是肛周膿腫，都在肛門內2cm左右。有一個組織叫肛竇，與肛腺連接。肛腺是隱形的肉眼看不見的管道，生理作用是分泌黏液，從肛竇排泄出來，潤滑糞頭。肛腺分布在肛門直腸下段，讓糞便更好排出，這是生理作用。但是當身體的免疫力差、大便過干或者拉肚子，就會損傷肛竇組織。這時候糞便和腸道中的細菌就從損傷肛竇，進入肛門外面，引起肛門組織的感染。感染不能及時制止，就會進一步形成肛周膿腫。