腦炎主要是和胃腸型感冒、普通的胃腸炎來鑒別。因為，胃腸炎也會出現嘔吐，會因為嘔吐之后進食困難導致精神差，也可能會出現發熱，比較容易診斷為腦炎。但是，胃腸型的嘔吐，往往會有腹痛或者進食不潔食物的病史。此外，還需要與引起頭痛的疾病進行鑒別，如偏頭痛或者是副鼻竇炎或者是血管神經性的頭痛，都可能會引起頭痛，容易診斷為腦炎。偏頭痛一般是慢性起病，但是結核性腦炎或者是隱球菌性腦炎也是慢性起病，所以頭痛時，需要住院做影像學、腦血流圖檢查來鑒別，憑門診醫生看無法鑒別。