病毒性腦炎只是顱內感染性疾病的一種類型。顱內感染因為致病病原菌不同，顱內感染又分為細菌性腦膜炎、結核性腦膜炎、真菌性腦膜炎，真菌性腦膜炎以隱球菌性腦膜炎為常見。以下類型疾病與病毒性腦炎需鑒別診斷： 1、化膿性腦膜炎，由于化膿細菌導致顱內感染，引起腦基膜化膿性的炎癥，合并有化膿性的腦膜炎或者是腦膿腫，患者病前常見到皮膚破潰感染，或是部分病人由化膿性中耳炎繼發感染； 2、結核性腦膜炎，是由結核分枝桿菌引起的顱內感染性疾病，常繼發于粟粒性肺結核，或者體內其它臟器出現結核病的感染，臨床表現結核中毒癥狀，既出現午后潮熱，夜間盜汗，常有腦神經的損害，如動眼神經的損害，導致眼球運動障礙，完成肺部CT檢查，發現有活動性的肺結核，或者陳舊性的肺結核； 3、隱球菌性腦膜炎，由于隱球菌感染導致顱內感染性的疾病，臨床表現主要是發低熱，具有明顯的頭痛，發熱的情況沒有結核性腦膜炎盜汗現象，或者午后潮熱的現象，主要是顱內感染相應的鑒別，通過腰穿，腦脊液的檢查進行鑒別； 4、復發性的、無菌性的腦膜炎，中毒性的腦病，或者說腦腫瘤等。