肝結石的治療方法主要是手術治療，非手術治療只是在急性發炎的時候打點消炎針，控制感染，改善肝功能，但是徹底治療現在還是要手術治療。手術的方法有很多膽管切開取石術、肝葉切除病灶術、解除膽管狹窄、膽腸吻合術等。現在有很多藥物，但在臨床上沒有哪種藥特別有效，但是藥物很多，特別是中藥，中藥有很多成品，但是靠它完全解決肝膽管結石效果不是很明顯，可能早期還沒形成結石有一些絮狀物、沉渣的時候，吃藥物可排出去，但是小的結石可以排出，如果結石已經長大，嵌頓在膽管里，是排不動的。