針對胃腸間質瘤的靶向藥物，目前臨床上常用的有以下幾種：1、伊馬替尼：臨床應用比較早，這種口服的靶向藥物主要針對一些晚期不能手術的患者，或者是術后復發轉移風險高的患者。一般建議長期的服用這種藥物來控制胃腸間質的發展；2、瑞戈非尼：對于依馬替尼耐藥后的患者，可以二線使用瑞戈非尼這種靶向藥物來繼續進行治療。瑞戈非尼主要通過抑制腫瘤血管新生，從而一定程度上控制腫瘤的發展；3、舒尼替尼：除了瑞戈非尼，還可以考慮口服舒尼替尼這種靶向藥物來進行治療，可以靶向腫瘤表面的蛋白，從而對于腫瘤細胞的生長增殖具有一定的抑制作用。這三類靶向藥物都具有一定的針對性，主要是針對腫瘤細胞，對于人體正常細胞的損傷比較小。因此大多數情況下，患者都是可以耐受的。但是這些藥物也會出現高血壓、皮疹、腹瀉等副作用，因此臨床需要專業醫生指導方可使用。