晚期胃腸間質瘤指的是已經出現了復發轉移，已經沒有了手術治療的機會。目前主要是以靶向治療為主，靶向藥物目前有一線、二線，三線、四線的選擇，一線主要是伊馬替尼、二線是舒尼替尼、三線是瑞戈非尼、四線是瑞派替尼，常見如下：1、一線藥物：伊馬替尼可以有效針對C-KIT的基因活化，一般作為一線治療藥物，治療不可切除或者手術以后復發轉移的晚期間質瘤患者，但容易產生耐藥，耐藥以后會出現疾病進展，包括局部進展，以及廣泛性的進展；2、二線藥物：對于伊馬替尼治療失敗或耐藥以后發生進展的晚期間質瘤，可以選用二線的舒尼替尼進行治療；3、三線藥物：如果舒尼替尼失敗以后再次耐藥，就進入到了三線治療，三線藥物主要是瑞戈非尼，瑞戈非尼對伊馬替尼和舒尼替尼治療都失敗的進展期晚期間質瘤能夠延長PFS(無進展生存期)；4、四線藥物：瑞派替尼是晚期胃腸間質瘤四線治療的標準，是作用機制不同的新藥，能夠延長一線、二線、三線靶向藥物，治療失敗的患者生存，提高患者的生活質量，尤其是安全性較好，可以加量，給患者帶來更多的治療機會，同時客觀緩解率比較高，可能給患者帶來局部治療的機會。晚期胃腸間質瘤患者的預后一般比胃癌要好，因為生物學行為相對比較慢，因此患者不要過分焦慮，應保持良好的心態，積極配合醫生的治療。