患者包括醫生對于胃腸道間質瘤，以及其他所有疾病來講，都關心藥物的副作用。總的來講，胃腸道間質瘤靶向藥物治療的副作用，相對來講比化療要輕一點，但是無論哪一種靶向藥物，都有可能出現副作用，而且不同患者出現副作用的大小也不一致。副作用的大小和很多因素有關，耐受情況也是一樣。伊馬替尼和瑞派替尼這兩種藥物的副作用，相比較常用的5種藥物來講，副作用會比較少，也比較輕。伊馬替尼最常見的副作用包括惡心、嘔吐、乏力、水腫，主要是眼瞼部水腫。這些副作用相對來講都比較輕微，絕大多數患者經過調整后可以不進行劑量中斷或者調整，耐受性非常好。舒尼替尼和瑞戈非尼，也就是對于常用的二線、三線藥物治療來講，因為它倆是多靶點激酶抑制劑，所以不良反應相對比較嚴重，包括疲乏、口腔黏膜刺激或者手足綜合征，甚至高血壓、蛋白尿。手足綜合征是比較常見的，主要是手掌和腳底發紅疼痛，甚至出現水皰，對于患者生活質量的影響較大，可以用護膚霜或者潤膚露，要穿棉質衣服、鞋襪來改善癥狀。正因為這些副作用的存在，這2個藥物涉及到劑量調整或者劑量中斷，相對就要比伊馬替尼和瑞派替尼多。還有一個阿伐替尼，它的不良作用比較特殊，會出現腦血管、認知障礙的影響。所以總的來講，在所有靶向藥物治療期間，副作用都是或多或少存在的，需要患者和大夫進行詳細的溝通，對不良反應做出相應的處理，讓患者在藥物治療期間能夠更加平穩地度過，盡量減少不必要的停藥或者中斷影響治療的效果。