常年消化不良應該用藥物積極地改善胃腸道的消化和吸收功能。對于常年消化不良的患者，應積極尋找原發病，如幽門螺桿菌感染、慢性胃炎、萎縮性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍等。如果出現這些情況，應積極為患者進行消化不良的治療。如果患者出現幽門螺桿菌感染，可應用三聯或四聯的辦法根除。另外，對于常年消化不良的患者，需判斷是否為內分泌代謝等情況造成。如果是內分泌因素導致，應積極調整人體的內分泌功能，包括甲狀腺功能嚴重亢進、腎上腺功能亢進等。這時除對消化不良進行改善外，還需對原發病進行調整。除上述的情況，如果患者出現反酸、燒心、腹脹、腹瀉等臨床癥狀，還可以對癥應用一系列藥物，包括胃腸道益生菌的調理治療。