大部分不完全川崎病跟川崎病的治療一樣，治療的難點是要診斷為不完全川崎，一旦明確診斷是川崎病，不管是完全或不完全都要開始啟動川崎病的標準治療。川崎病的標準治療包括大劑量的丙種球蛋白聯合阿司匹林，大部分川崎病對丙種球蛋白的治療反應比較好。但是不完全川崎病發生丙種球蛋白耐藥或丙種球蛋白無反應的發生率，比典型川崎的發生率高。所以不完全川崎在治療的同時，一定要嚴密監測治療反應。 此類患兒一旦發生了丙種球蛋白的無反應，一定要積極或快速的啟動更進一步的抗炎治療。因為一旦發生丙種球蛋白無反應，患兒后期冠狀動脈病變的發生率比丙種球蛋白敏感的川崎病的患兒要高得多。所以要更進一步積極有效的抗炎，減少冠狀動脈并發癥的發生，從而去進一步改善或減輕冠狀動脈病變的發生率。