自身免疫性甲狀腺炎這一類疾病最終都會引起甲狀腺功能減退，實際免疫功能紊亂針對抗體陽性沒有特別好的治療方案，用藥都是基于出現甲狀腺功能異常，比如甲亢、橋本氏甲狀腺炎早期，因為有甲狀腺自身免疫破壞，會出現破壞性甲狀腺毒癥表現，特別是對于TSH刺激性抗體陽性者，甲亢期較長，可以用抗甲藥物治療。最終均會發展為甲減，在亞臨床甲減TSH大于10mIU/L 的時候，可以用左甲狀腺素鈉片干預，把TSH降到1.5mIU/L 左右，這樣抗體滴度會有所下降，治療主要是針對甲狀腺功能異常。除針對甲狀腺功能異常用一些藥物之外，還可以考慮中醫藥調節免疫治療，或者補充一些微量元素硒之類，對于自身免疫也許有所獲益。