肝內膽管結石不會引起疼痛，但是肝內膽管結石堵塞膽管后，會引起相應膽管所在的肝葉組織的局部肝硬化，引起局部的肝組織病變，嚴重甚至可引起肝癌。所以肝內膽管結石的危害主要取決于病人肝臟的情況，包括肝組織有沒有發生改變、膽管有沒有完全堵塞。如果肝內膽管結石時間過長會有很大的危害，而小的結石沒有引起肝管堵塞，可能不會有任何危害。如果發現肝內膽管結石要定期復查，了解肝內膽管結石引起的局部肝組織變化。一旦出現肝組織變化需要及時手術治療，否則有可能引起局部的肝組織硬化。