通常甲胎蛋白水平超過400μg/L以上，再結合影像學的占位，臨床上可以診斷為原發性肝癌。甲胎蛋白作為診斷肝癌的一種重要的腫瘤標志物，在我國一方面用于肝癌的早期篩查，另一方面也用于臨床上診斷肝癌和觀察肝癌手術之后復發轉移的跡象，如果血液檢查發現甲胎蛋白明顯升高超過400μg/L，同時在影像學，包括CT、核磁，可以看到典型的肝臟惡性腫瘤、影像學的占位，就可以在臨床診斷為原發性肝癌。當然甲胎蛋白越高，肝癌的診斷準確性就越強，多數的肝癌患者甲胎蛋白可以高達十幾萬，甚至是幾十萬的水平。但是也需要注意，即使甲胎蛋白正常或者是輕度升高，如果發現肝臟占位有典型的肝癌影像學特點，也不能夠排除肝癌的診斷，因為有1/3的原發性肝癌患者甲胎蛋白數值可以為正常。