甲胎蛋白高可能和肝癌相關，但并不是完全和充分的條件，也就是甲胎蛋白高不一定就是肝癌，比如睪丸腫瘤也有可能，而且肝癌也不一定甲胎蛋白就高。有一部分肝癌甲胎蛋白并不高，比如肝癌主要有兩種細胞，有肝細胞性肝癌，大部分肝細胞性肝癌的甲胎蛋白都高，也有個別的肝細胞性肝癌的甲胎蛋白正常。另外一種細胞，比如膽管細胞肝癌，幾乎所有膽管細胞的肝癌甲胎蛋白都不高，都是正常，膽管細胞肝癌在原發性肝癌中可能占到10%左右。除了膽管細胞肝癌外，加上部分肝細胞肝癌，也是甲胎蛋白陰性，所以可能有15%-22%的原發性肝癌，甲胎蛋白都正常，所以并不能因為甲胎蛋白正常而排除一個人是否有肝癌。