巧克力囊腫術后通常要打針，巧克力囊腫雖然是良性疾病，但卻有惡性疾病的行為，即侵犯周邊組織，較易復發，所以巧克力囊腫術后長期管理特別重要。長期管理的一部分即術后注射GnRH-α，中文名字為促性腺激素釋放激素激動劑，目的為使月經不要來潮，起到暫時藥物性卵巢切除的作用。 一般會在手術后直接注射，或手術后月經來潮的第一天注射，一般28天注射一針，在第一針時可能會出現出血的情況，第二個月時一般出血消失。注射第二針時，即第2個月時通常沒有陰道出血的情況。每個患者一般注射3-6針，依據患者術中情況及針的分期決定。巧克力囊腫的術后長期管理除注射GnRH-α外，術后的避孕藥及曼月樂環的放置也很重要。